L'auto-entrepreneur bénéficie alors de la même couverture sociale que les professions indépendantes.
Elle sera gérée par le RSI que l’auto-entrepreneur soit artisan, commerçant ou profession libérale.
Les prestations maladie en nature sont identiques à celle des salariés (médicaments, soins, hospitalisations…).
L’auto-entrepreneur bénéficie également de prestations maternité et paternité.
Le versement des prestation maladie-maternité est effectué par l'organisme conventionné (mutuelle ou groupement de sociétés d’assurance) choisi lors de l'immatriculation. Les feuilles de soins doivent être envoyées à cet organisme pour obtenir le remboursement des prestations maladie.
Les droits aux prestations d’indemnités journalières (uniquement pour les artisans et les commerçants) sont soumis aux conditions habituelles des travailleurs indépendants.
L'indemnité journalière garantit un revenu de remplacement égal à la moitié du revenu professionnel annuel moyen des 3 dernières années civiles sans pouvoir être inférieure à une IJ minimum ni supérieure à une IJ maximum.